Вот тут, как я понимаю, у специалистов есть разногласия. То ли речь о напитке кислые щи. И тогда мастер по их приготовлению (а это было настоящее искусство) — вызывает уважением. То ли речь о крестьянских щах из кислой капусты ("любая баба знает, как приготовить"). И тогда само выражение про профессора, скорее, уничижительное, с издевкой.